Эта программа посылает запрос на сервер и сканирует каждый файл, который находится в основной папке сайта. Буквально поштучно проверяет файлы на предмет соответствия нормам безопасности. Конечно, антивирус – не панацея, и можно отхватить какой-нибудь ужасный редирект, который по факту скорее не вирус, а постоянное перенаправление на сомнительные сайты с вашего сайта.
Я пользуюсь услугами проверенного сервиса Virusdie, который стоит своих денег, к тому же при большом количестве сайтов – очень выгодное решение. Антивирус находит вредоносные файлы и самостоятельно их лечит или удаляет. Если какой-то файл не удаляется программой, вы сможете сделать это вручную. К тому же в пакете идёт защита от вредоносного ПО и автоматическая блокировка пользователей, которые посылают слишком много запросов к сайту в секунду.